Я бы с ребенком все-же в самом Ейске остановилась. Плюсы на мой взгляд больший выбор жилья на разный кошелек, наличие аптек. Куча детских развлекашек от аттракционов до парков, дельфинариев, океанариев и проч. Много разных кафе, столовок, несколько пляжей среди которых можно выбрать наиболее подходящий для себя.
В станицах отдых потише, море, возможно почище... Но скучновато может показаться... Смотря за чем едете.