Я выбераю поезда-маршруты на "туту", а покупаю в кассе РЖД. Комииссия через сайт небольшая (250-350 руб. с билета), но в совокупности нормальная сумма набегает.
Часто так бывает, что на сайте в наличии мало мест (например тут одно, в соседнем вагоне пара, или много но все "неудачные"), а в кассе всегда те и столько, как мне надо. Приезжать в кассу лучше максимально рано или максимально поздно (ночью вообще идеально), чтобы в очередях не толпиться - оказывается полным-полно людей, которые покупают билеты на поезд за полчаса до его отправки!