1. Регистрировать ребенка в квартиру на стадии приватизации (т.е. квартира не приватизирована), если вы его в эту приватизацию включать не собираетесь - не стоит. Несовершеннолетние по-любому участвуют в приватизации! Получить разрешение на то чтобы не включать ребенка в приватизацию у органов опеки на мой взгляд - не реально!
2. Если зарегистрируете его в коммуналке, то в случае продажи, а следовательно снятия с регистрационного учета несовершеннолетнего, вам нужно будет так же предоставить сведения в опеку о том, что ребенок будет зарегистрирован на жилплощади равной или большей чем та на которой он проживал ранее, соответствующей нормам по размерам, а так же санитарно-гигиеническим и проч.
Так что, в любом из этих случаев затруднения у вас возникнут. Выбирайте исходя из ситуации.