Можно быть крестной, не присутствуя на крестинах, можно за дверью подождать.
А вообще, в Московской области когда к родне приезжала и в церковь ходила, у меня как раз КД были, я стояла в дверях, не заходила, меня все спрашивали почему, если кому говорила причину - у них глаза на лоб, они о таком запрете впервые слышали. Так что были бы у вас крестины в другом городе, такой проблемы возможно вообще не возникло бы
Думаю в вашей ситуации наилучший выход - не отменять крестины и не издеваться над своим организмом, а крестить ребенка заочно. Так тоже можно. К тому же вы будете не где-то там далеко, а тут рядом у церкви.